Về quy trình làm bánh, bánh đa nem Yên Phụ sản xuất theo quy trình riêng, nghiêm ngặt. Từ khâu chọn gạo, ngâm gạo, xay bột, tráng bánh, phơi bánh đến cắt bánh… đều đòi hỏi sự tỉ mẩn, nếu vội vàng trong bất cứ công đoạn nào đều có thể làm hỏng cả một dàn bánh. Do vậy, người dân sản xuất luôn luôn chú ý đến từng công đoạn để cho ra những chiếc bánh đa nem thành phẩm đạt chất lượng tốt nhất.
Quy trình sản xuất bánh đa nem
1.Quá trình chuẩn bị bột
Bánh được sản xuất từ 100% gạo tẻ, thường là gạo Khang Dân, vì gạo cho bánh trắng, đẹp tự nhiên, mùi thơm, dẻo. Ngoài nguyên liệu chính là gạo, thành phần để sản xuất bánh đa nem còn bao gồm muối, dầu ăn. Đặc biệt, bánh đa nem nơi đây không sử dụng chất bảo quản.

Gạo sẽ được vo sạch để loại bỏ sạn và ngâm qua đêm để hôm sau xay gạo. Gạo sau khi ngâm cần phải mang đi xay nhỏ để tạo độ mịn. Bột xay càng nhỏ thì bánh càng đẹp và trắng.

2. Quá trình tráng bánh
Gạo sau khi đã xay hòa trộn thêm với muối và nước để tạo thành bột tráng bánh. Mỗi gia đình sẽ có một bí quyết riêng về lượng nước và muối được hòa trộn để bánh dẻo, dai và không bị giòn khi thời tiết thay đổi.

Mọi công đoạn từ chuẩn bị nguyên liệu như vo gạo, ngâm gạo, xay gạo, chuẩn bị bột đều được làm bằng phương pháp thủ công, riêng giai đoạn tráng bánh, được thực hiện bằng máy hấp chứ không phải tráng bánh và hấp bánh bằng tay như trước đây nữa.
3. Quá trình phơi bánh
Khi tráng bánh, độ dày hay mỏng phụ thuộc vào sự điều chỉnh trên khuôn máy của người thợ. Bánh khi tráng xong được trải trên tấm phên và đem đi phơi.

Bánh phải được phơi nắng một cách tự nhiên, phơi trong một thời gian nhất định, tuân thủ các quy định về nhiệt độ. Quá trình phơi ảnh hưởng rất lớn đến chất lượng của bánh. Nếu trời mưa, không thu vào kịp bánh sẽ bị mốc, còn trời quá nắng quá bánh sẽ bị giòn và nứt vỡ.
4. Bóc bánh và cắt bánh
Bánh sau khi đã khô thì tiến hành bóc bánh, phải rất cẩn trọng để bánh không bị rách, đảm bảo đến tay người tiêu dung 100% bánh lành.
Bánh đã tách ra khỏi phên sẽ được đem cắt thành từng miếng nhỏ đẻ phù hợp với nhu cầu sử dụng của người tiêu dùng. Đặc biệt, bánh đa nem Yên Phụ được cắt theo hình vuông và hình chữ nhật, thay khoanh hình tròn như nhiều vùng sản xuất
5. Đóng gói và hoàn thiện sản phẩm

Khâu cuối cùng là đóng gói sản phẩm, sau khi được cắt xong, bánh sẽ được đóng gói thành phẩm, ghi hạn sử dụng và vận chuyển đến khách hàng.